A történet úgy 4 évvel az után folytatódik, hogy a digilovagok legyőzték Apocalymont és ezzel, megmentették a Digitális Világot. Azóta a két világ összeolvadt végleg így az idő már ugyanúgy telik, mint a Földön. Tai, Matt, Joe, Sora és többiek az óta már kicsit megnőttek, és (Kari és TK kivételével) már gimnáziumba járnak. Hamarosan mégis vissza kell térniük a Digitális Világba hisz egy hozzájuk hasonló digilovag, akar uralkodni a világban és eldöntötte, hogy ő lesz a Digimon császár. (Az angolban Digimon Empeor a neve.) Fekete gyűrűket használ, amik elkapva a Digimonokat, (típusuktól függetlenül) neki engedelmeskednek. A probléma ott kezdődik mikor a régi digilovagok, rájönnek, hogy többet nem tudják a Digimon partnerüket Champion szintre digitalizálni. Ám a történetbe belép három új digilovag is, akik segítségével ismét fel tudják venni a küzdelmet a gonosz ellen…

Röviden ez lenne a Digimon 02 története. A folytatásban tehát három új szereplő is megjelenik, de a régiek sem tűnnek el... Szerencsére "pár" utalás van az előző sorozat részeire is, de meg lehet tudni olyan dolgokat is, amelyek nem voltak az első sorozatban. (Pl.: kiderül, hogy mit csináltak a régi digilovagok egy évvel azután hogy elhagyták (kényszerből) a Digitális Világot és miért tűntek el az Ultimate szintet képviselő medálok.) Természetesen, aki részletesebben kíváncsi a Digimon 02 történetére, az a "SOROZAT RÉSZEI" menüpontnál elolvashatja…

Pár szó az új Digitális Világról:
A digilovagok most már bármikor átmehetnek az egyik világból a másikba, de ehhez szükség van egy számítógépre (benne a két világot összekötő kapuval) és legalább egy új típusú Digivice szerkezetre (D-3 a neve). (A régiek ugyanis nem tudják megnyitni a kaput.) Ezután már szabadon lehet járkálni a két világ között. (A Digitális Világban nem lehet ott ragadni még akkor sem, ha egy régi Digivice van a digilovagnál. Csupán egy visszavezető kaput kell találnia, és már mehet is vissza a Földre.)

Az Armor tojás: Ez lényegében olyanok, mint a medálok, ám ezek nem Ultimate hanem Armor szintre növelik a Digimont. Az Armor szint a Champion és az Ultra szint között helyezkedik el.
A DNA digitáció: A DNA digitáció röviden két Digimon átalakulása egy ULTIMATE Digimonná. Ha ezen a szinten legyőzik akkor mindkét Digimon IN-TAINING szintre megy vissza, ám ha maguk változnak vissza ROOKIE szintre.